Unissula didirikan oleh Yayasan Badan Wakaf Sultan Agung (YBWSA) pada tanggal 16 Dzulhijjah 1381 H, bertepatan dengan 20 Mei 1962 M. Nama Sultan Agung diambil dari nama Sultan Agung yang merupakan salah satu pahlawan nasional yang sangat berjasa bagi bangsa Indonesia. Sultan Agung yang bernama lengkap Adi Prabu Hanyokrokusumo lahir di Kutagede, Kesultanan Mataram pada 1593 merupakan Sultan ke-tiga Kesultanan Mataram yang memerintah pada tahun 1613-1645. Di bawah kepemimpinannya, Mataram berkembang menjadi kerajaan terbesar di Jawa dan Nusantara pada masanya.

Pemilihan nama Sultan Agung sebagai nama Universitas juga tak lepas dari berbagai pemikiran antara lain ia merupakan pemimpin besar yang sangat mencintai bangsa dan negaranya serta sangat gigih melawan berbagai penjajahan. Seorang raja yang religius dan berkarakter unggul yang mampu mengimplementasikan kehidupan beragama melalui akulturasi budaya yang bisa diterima masyarakat. Sehingga tidak mengherankan jika jasa-jasanya sebagai pejuang dan budayawan, Sultan Agung telah ditetapkan menjadi pahlawan nasional Indonesia berdasarkan S.K. Presiden No. 106/TK/1975 tanggal 3 November 1975.

Dasar pemikiran tersebut menjadi sebuah hal yang logis menjadikan nama Sultan Agung sebagai nama universitas dan melalui nama tersebut diharapkan akan terus mengobarkan semangat perjuangan membangun bangsa melalui dunia pendidikan.

(http://unissula.ac.id/sejarah-unissula/)