Universitas Cenderawasih (UNCEN) didirikan pada tanggal 10 Nopember 1962 di Kota Baru (Sekarang Jayapura) berdasarkan Keputusan Bersama WAMPA/Koordinator urusan Irian Barat dan Menteri PTIP Nomor : 140/PTIP/1962 dan disahkan dengan keputusan Presiden Republik Indonesia Nomor : 389 Tahun 1962.

Pada saat itu Uncen merupakan satu-satunya Instansi Pemerintah Indonesia Pertama yang dibentuk setelah Kantor Wilayah Pemerintahan Indonesia.Pada saat itu dibentuk 4 (empat) Fakultas yaitu Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan (FKIP), Fakultas Ilmu Hukum Ketatanegaraan dan Ketataniagaan (FHKK) berkedudukan di Jayapuran, sedangkan Fakultas Pertanian dan Fakultas Peternakan berkedudukan di Manokwari dan pada tanggal 17 Agustus 1964 diresmikan menjadi Fakultas Pertanian, Peternakan dan Kehutanan (FPPK) dan kegiatan Akademik baru dimulai tanggal 5 Oktober 1964.Namun beberapa tahun kemudian 2 (dua) Fakultas yang ada di Jayapura yaitu FKIP dan FHKK dilebur menjadi FIHES, yang kemudian menjadi FE, FISIP, FE sedang FPPK yang berkedudukan di Manokwari menjadi FAPERTA.

Pada tahun 2002 FAPERTA lepeas dari UNCEN dan menjadi Universitas Negeri Papua (UNIPA). Seiring dengan pertambahan minat masyatakat untuk melanjutkan pendidikan, maka pada tahun 2002 di buka program pendidikan Dokter (PPD), selanjutnya pada tahun 2009, status PPD ditingkatkan menjadi Fakultas Kedokteran (FK). Saat ini di dalamnya bernaung Program Pendidikan Keperawatan (PPK). PAda tahun 2005, Jurusan Ilmu Kesehatan Masyarakat (IKM) yang bernaung di bawah FMIPA, mengalami peningkatan menjadi Fakultas Kesehatan Masyarakat (FKM). Pada Tahun 2011 bertambah lagi satu fakultas, yaitu Ilmu Keolahragaan (FIK).

Sampai sekarang universitas cenderawasih telah memiliki 9 (sembilan) fakultas. Dalam perkembangan selanjutnya, uncen telah membuka program pasca sarjana.